假面学园光阳私立高中的有季和贡收到了以前初中时代的同学殿村的假面聚会的邀请邮件.与此同时,在有季的班上一直拒绝上学的段田，在戴上了假面具以后开始上学了。此后，戴面具秘密地在年轻人当中风行起来.与此同时,着眼于的世界潮流的时装设计师DAIMON，让自己的女儿HIROKO戴上假面具，作为模特来为自己的设计宣传。这样发生了许多围绕假面具的事件,学生们为戴面具的问题而形成对立，殿村又忽然离奇自杀，而在一次SHOW之中模特被杀害等等的事件不断发生.同时,找到了假面具制作室的有季，为了调查假面事件找出真正的凶手也成为模特.不久,段田也象殿村一样自杀了,在他的遗书中他供认自己杀害了殿村和模特,畏罪自杀。但是有季却相信真正的犯人另有其人。她发出邮件向假面具的主页的D说自己已经知道了犯人是谁，想通过这封邮件引诱出真正的犯人。最后，判明有季有危险的赌上奏功，真正犯人是是段田的她的水和月。真正的HIROKO另有其人，失踪了的她完全打扮成作为模特把受欢迎和名声做为恣的水和月，她杀死了所有了解真相的人们的。另一方面，真正的HIROKO因为不认同父亲的做法，伪装成晓的妹妹与他一起生活.为了让她度过与晓新的人生，假面事件解决后，有季掩饰了自己对晓的感情为他们送别.